pod Bochnią i Wiśniczem Nowym dotarły do linii Brzesko – Wiśnicz Nowy – Bochnia – Niepołomice i były już od południowego wschodu okrążone przez jednostki niemieckie. Grupie Operacyjnej „Boruta” udało się jednak powstrzymać Niemców w tym rejonie i odskoczyć do rejonu Żabno – Radłowa – Wał Rudy, gdzie stoczyła krwawe walki przy przeprawie przez most na Dunajcu pod Biskupicami. Ostatnią większą walkę w bocheńskim stoczono w Puszczy Niepołomickiej 9 września 1939 r. Żołnierze polscy z V batalionu strzelców podhalańskich, zaskoczeni przez Niemców w czasie snu, bronili się bohatersko, lecz musieli ulec przewadze nieprzyjaciela. Poległo wówczas 60 Polaków i 20 Niemców. Miejscowi chłopi pochowali poległych na miejscu walki w pobliżu Poszyny.
Wkrótce po zajęciu powiatu Niemcy rozpoczęli prześladowania miejscowej ludności. Na terenie parku Uzbornia w Bochni Niemcy 18 grudnia 1939 r. rozstrzelali 52 Polaków w odwecie za napad na posterunek policji niemieckiej, dokonany przez członków organizacji konspiracyjnej Orzeł Biały. Niemcy zastosowali wówczas po raz pierwszy zasadę zbiorowej odpowiedzialności za wystąpienia ludności polskiej przeciwko administracji okupanta.
Ludność żydowską z powiatu bocheńskiego wymordowano częściowo w Oświęcimiu, a częściowo w Kozich Górkach, gdzie spoczywa ok. 2 tysiące Polaków i Żydów.