Stacjonował w mieście do rozpoczęcia kampanii wrześniowej w 1939.
W pierwszej połowie 1936 roku dochodzi do ekscesów o podłożu antysemickim.
II wojna światowa 6 i 7 września 1939 w obronie miasta walczyły 10 Brygada Kawalerii, 21 Dywizja Piechoty Górskiej oraz 1 Brygada Górska. mały|Polacy czekający na egzekucję (Zbrodnia w Bochni dokonana przez Niemców podczas II wojny światowej na wzgórzu Uzbornia 18 grudnia 1939 r.) mały|Pluton egzekucyjny mały|Egzekucja W 1939 w Bochni dokonano jednej z pierwszych masowych egzekucji w okupowanej przez III Rzeszę Polsce. Niemcy rozstrzelali wówczas 52 osoby w odwecie za zabicie dwóch policjantów niemieckich.
Trwające przez kilka dni w rejonie Bochni walki w czasie kampanii wrześniowej 1939 r. miały bardzo zacięty przebieg. Wojskom polskim Grupy Operacyjnej „Boruta” gen. Spiechowicza i podporządkowanej mu brygadzie pancerno-motorowej gen. Maczka, stanowiącym południowe skrzydło armii „Kraków”, groziło na terenach powiatów bocheńskiego i brzeskiego okrążenie i zniszczenie przez Niemców. 5 września południowe skrzydło wojsk polskich zostało zepchnięte na Łapanów. Następnego dnia wojska polskie naciskane mocno przez Niemców m.in.