Na prośbę francuskiego kleru i króla Ludwika XV, papież powołał komisję mającą potępić jansenistyczne tezy Pasquiera Quesnela. Jawna wrogość Ferrariego wobec jezuitów a także jego wcześniejszy sprzeciw wobec rytów chińskich, spowodowały ostry konflikt z innym członkiem komisji Carlo Agostino Fabronim. Ferrari postulował, by nie wykreślać 86 spośród 101 tez, zawartych w głównej pracy francuskiego jansenisty Le Nouveau Testament en françois avec des réflexions morales sur chaque verset. Komisja ostatecznie zdecydowała się pozostawić jedynie 50 tez, określając pozostałe mianem heretyckich. Na podstawie obrad tej komisji opracowano Konstytucję apostolską Unigenitus.
Ponieważ wykładowcy Sorbony, członkowie francuskich władz, a także większość kleru, na czele z arcybiskupem Paryża Louis-Antoine’a de Noaillesa odrzucili nową Konstytucję apostolską, Klemens XI musiał powołać nową komisję, mającą ocenić i ukarać niepodporządkowanie się decyzji papieża. W jej skład weszli ponownie kardynałowie Ferrari i Fabroni, a oprócz nich Giovanni Battista Tolomei, Francesco Maria Casini i Annibale Albani. Tym razem kardynał Ferrari zajął bardziej liberalne stanowisko, proponując wystosowanie koncyliacyjnego brewe. Jednakże komisja postanowiła obłożyć zwolenników jansenizmu ekskomuniką, co zostało potwierdzone bullą Pastoralis Officii w 1718 roku.