12 grudnia 1695 roku został kreowany kardynałem prezbiterem i otrzymał kościół tytularny San Clemente. Pięć lat później został prefektem Kongregacji Indeksu i pełnił ten urząd dożywotnio. Został członkiem komisji mającej zbadać książkę François Fénelona „Doskonałości chrześcijanina i Maksym Świętych” pod kątem kwietyzmu, co doprowadziło do potępienia tego nurtu przez Innocentego XII. W 1701 roku, wraz z Enrico Norisem, Galeazzo Marescottim, Giovannim Gabriellim i Giuseppem Spinellim zasiadł w komisji badającej zgodność rytów chińskich z zasadami chrześcijaństwa, by rozsądzić spór pomiędzy dominikanami a jezuitami. Po trzech latach prac komisja wydała dokument Responsa theologica super quaestionibus de ritibus Sinicis, w którym uznano za bałwochwalców chińskich katolików, którzy z uporem kontynuowali wyznawanie wiary zgodnie z lokalnymi tradycjami i rytuałami. Na jego podstawie Klemens XI wydał bullę Ex illa die, która zakazywała rytów chińskich. W latach 1704–1705 pełnił rolę kamerlinga Kolegium Kardynalskiego.