Od 15 października 1925 był dowódcą 11 pułku Ułanów Legionowych w Ciechanowie, z tego stanowiska 17 listopada 1926 został przeniesiony na stanowisko dowódcy XIII Brygady Kawalerii w Płocku, po czym z dniem 1 stycznia 1931 został mu udzielony urlop z zachowaniem uposażenia czynnego wraz z dodatkiem służbowym i równoczesnym zwolnieniem z zajmowanego stanowiska, a z dniem 28 lutego 1931 został przeniesiony w stan spoczynku. W 1934 jako emerytowany pułkownik był przydzielony do Oficerskiej Kadry Okręgowej nr I jako oficer przewidziany do użycia w czasie wojny i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Płock.
Podczas II wojny światowej zmarł w maju lub 3 czerwca 1941 na dworcu kolejowym w CharkowieW publikacji pt. Wykaz poległych i zmarłych żołnierzy Polskich Sił Zbrojnych na obczyźnie w latach 1939–1945, wydanej w 1952 w Londynie, pułkownik Mochnacki został wymieniony dwukrotnie. W pierwszym przypadku został wskazany w gronie żołnierzy zaginionych i zmarłych w ZSRR, których śmierć potwierdziło co najmniej dwóch świadków; podano: Morhacki (?), płk s.s. (b. dca bryg. kaw. w Płocku), 56 lat, (?); maj 1941; na dworcu kol. w Charkowie. W drugim przypadku Marian Mochnacki został wymieniony w grupie żołnierzy, o których śmierci relacjonował jeden świadek;