Przedmiotem sporów było używanie rzymskokatolickiego cmentarza parafialnego w Filipowie do pochówku zmarłych mariawitów. Władze guberni suwalskiej nakazały grzebanie ich na cmentarzu parafialnym, jednak rzymskokatolickie prawo kanoniczne zabraniało pochówku osób wyznających herezję. Administrator diecezji sejneńskiej jako kompromis zaproponował utworzenie osobnego cmentarza mariawickiego, zaś tymczasowo chowano zmarłych w sekcji cmentarza przeznaczonego dla innowierców.
W latach 1910–1912 ukazywało się w Filipowie czasopismo mariawitów w języku litewskim pt. „Marijavitas” (wychodzące wcześniej w Łodzi od 1909). Było to tłumaczenie na litewski czasopisma „Mariawita”, zaś jego redaktorem był Józef Hrynkiewicz.
Głównym źródłem dochodów parafii były przychody z prowadzenia szwalni, która jednak upadła, gdy w 1922 katolicy zaczęli bojkotować jej usługi. Wcześniej, dzięki dochodom ze szwalni, postawiono w miejscu karczmy drewniany budynek, mieszczący oprócz szwalni ochronkę, kaplicę, mieszkania Hrynkiewiczów i zakonnic.