Niakhaté odpowiadał dwóm kluczowym kryteriom Pierre'a Sage'a: był lewonoży i posiadał imponującą posturę (190 cm, 82 kg).
Przybył do Lyonu w czwartek wieczorem 4 lipca, a następnego ranka przeszedł badania medyczne w ośrodku treningowym w Décines, gdzie podpisał kontrakt. W wieku 28 lat powrócił do Ligue 1 po sześciu sezonach spędzonych w Bundeslidze i Premier League.
Sezon 2024/25 Pierwszy sezon w Lyonie był dla Niakhaté okresem adaptacji. W sezonie 2024/25 Lyon mierzył się z różnymi trudnościami, a defensywa drużyny nie zawsze funkcjonowała na oczekiwanym poziomie. Niakhaté szybko stał się ważną postacią w szatni dzięki swojej osobowości, choć na boisku potrzebował czasu, by w pełni się zaaklimatyzować.
Sezon 2025/26 Na początku sezonu 2025/26 nastąpiła wyraźna poprawa formy Niakhaté. Enzo Reale, zauważył: „Jest bardzo dobry w pojedynkach, w porównaniu do zeszłego roku nabrał większej swobody w rozegraniu. Mniej się zamartwia i ma mniejszą presję. Teraz należy do liderów zespołu". Reale podkreślił również zaangażowanie Senegalczyka w pracę defensywną.
W sezonie 2025/26 Ligue 1 rozegrał 16 meczów (15 w podstawowym składzie), notując 2 asysty.