Gra z numerem 19 na koszulce.
27 listopada 2025 roku strzelił swojego pierwszego gola dla Lyonu – z rzutu karnego w meczu Ligi Europy przeciwko Maccabi Tel Awiw, przyczyniając się do zwycięstwa 6:0.
Kariera reprezentacyjna Francja (kadry młodzieżowe) Niakhaté reprezentował Francję na różnych szczeblach młodzieżowych w latach 2014–2019. Zadebiutował w 2014 roku w kadrze U-19, w której rozegrał 3 spotkania. W reprezentacji U-20 zgromadził 8 występów (3 mecze w 2015 i 5 w 2016 roku). W kadrze U-21 rozegrał 11 meczów – 5 towarzyskich w 2018 roku, 3 w kwalifikacjach do Mistrzostw Europy U-21 2019 oraz 3 towarzyskie w 2019 roku. Był wielokrotnie powoływany przez selekcjonera Sylvaina Ripolla.
Senegal Pomimo regularnych występów w młodzieżowych reprezentacjach Francji, Niakhaté zdecydował się reprezentować Senegal na poziomie seniorskim. Zadebiutował w reprezentacji Senegalu 24 marca 2023 roku w meczu eliminacji Pucharu Narodów Afryki 2023 przeciwko Mozambikowi, wygranym 5:1. Do stycznia 2026 roku rozegrał 29 meczów w seniorskiej reprezentacji Senegalu.