Puchar Narodów Afryki 2023 W grudniu 2023 roku został powołany przez selekcjonera Aliou Cissé do kadry Senegalu na Puchar Narodów Afryki 2023, który odbył się na Wybrzeżu Kości Słoniowej. Na turnieju wystąpił w dwóch meczach. Senegal odpadł w 1/8 finału po porażce z gospodarzami.
Puchar Narodów Afryki 2025 Na Pucharze Narodów Afryki 2025 w Maroku był podstawowym zawodnikiem reprezentacji prowadzonej przez Pape Thiawa. Senegal zakończył fazę grupową na pierwszym miejscu grupy D z siedmioma punktami (zwycięstwa z Botswaną i Beninem oraz remis z DR Kongo).
Przed finałem Niakhaté podkreślał, że dotarcie do półfinału stało się dla Senegalu standardem, a gra w finale – nawykiem: „Dotarcie do półfinału stało się niemal minimum dla Senegalu, a finał nawykiem. Zawsze działaliśmy z szacunkiem – to część wartości, które zostały nam wpojone jako Senegalczykom".
W półfinale przeciwko Egiptowi (1:0) Senegal awansował do finału dzięki bramce Sadio Mané. Po meczu Niakhaté chwalił lidera drużyny: „Nie ma słów, żeby opisać to, co daje nam Sadio Mané. On jest naszym przywódcą i jesteśmy szczęśliwi, że go mamy".