od 1610 mieszkał w niej hiszpański eremita Juan Benegas de Cordoba. W 1617 kontrolę nad grotą przejął Zakon św. Jana, i w 1619 wielki mistrz Alof de Wignacourt podniósł kościół wraz z grotą do statusu kolegiaty. Powołał on również, w celu zarządzania kościołem i grotą, kapitułę kolegiacką (kolegium) swojego imienia.
Od francuskiej okupacji Malty w 1798, budynek kolegium pozostawał w użytkowaniu przez Kościół, lecz był zarządzany przez rząd. Podczas II wojny światowej i w następujących po niej latach, w budynku mieściła się szkoła, niewielki szpital, później zaś centrum parafialne.
W 1961 rząd zwrócił budynek kolegium Kościołowi; administrację budynkiem przejęła parafia w Rabacie. 24 czerwca 1981 otwarto w nim muzeum, zawierające wystawy dotyczące samego kolegium, kościoła św. Pawła oraz kilku powiązanych kościołów, znalazły się tam też eksponaty darowane przez osoby prywatne. Rdzeniem muzealnej galerii jest kolekcja notariusza Francesco Catanii.
Budynek Budynek, który dziś mieści muzeum Wignacourta, został w pełni ukończony w 1749;