156 § 3 kk w związku z art. 156 § 1 punkt 2 kk w związku z art. 11 § 1 kk”.
Podczas przesłuchania tylko raz potwierdził policjantom, że tamtej nocy był w Miłoszycach i miał tam odbyć dobrowolny stosunek z pewną dziewczyną. Później powtarzał, że te wyjaśnienia zostały na nim wymuszone groźbami i zastraszaniem. 2 kwietnia 2001 roku, a zatem niecały rok od zatrzymania Tomasza Komendy, prokurator skierował do Sądu Okręgowego we Wrocławiu akt oskarżenia oskarżając go o gwałt ze szczególnym okrucieństwem i pobicie ze skutkiem śmiertelnym Małgorzaty Kwiatkowskiej. 14 listopada 2003 roku przez sąd I instancji został skazany na 15 lat pozbawienia wolności za to, że „w nocy z 31 grudnia 1996 r. na 1 stycznia 1997 r. w Miłoszycach, działając ze szczególnym okrucieństwem, działając wspólnie i w porozumieniu z dotąd nie ustalonymi osobami, używając przemocy polegającej na zastosowaniu dużej siły fizycznej w celu przełamania oporu ofiary, powodując szereg urazów górnej partii ciała, dopuścił się zgwałcenia nieletniej Małgorzaty Kwiatkowskiej. poprzez między innymi penetrację narządów rodnych i odbytu narzędziem tępym lub tępokrawędzistym, w następstwie czego doznała ona obrażeń w postaci rozległych podbiegnięć krwawych i rozerwania śluzówki pochwy, tkanek miękkich pomiędzy pochwą a odbytem z następowym dużym krwotokiem zewnętrznym.