Eksperci z Akademii Medycznej we Wrocławiu stwierdzili, że włos znaleziony na kominiarce z miejsca zbrodni może do niego należeć, jak również ślad zębów na ciele ofiary mógłby być jego, z zastrzeżeniem, że także kilku innych osób. Dwa psy policyjne Lukas i Kir, niezależnie od siebie, wskazały, że zapach z czapki ofiary należy do Tomasza Komendy. Z kolei 12 osób dało mu alibi, że tamtego sylwestra spędzał we Wrocławiu.
16 listopada 1999 roku Tomasz Komenda został po raz pierwszy przesłuchany w charakterze świadka, zaś 29 listopada 1999 roku przesłuchano biegłego. 19 kwietnia 2000 roku Komenda został zatrzymany, a następnie został aresztowany po przedstawieniu mu wcześniej zarzutu o treści: „W nocy z 31 grudnia 1996 roku na 1 stycznia 1997 roku w Miłoszycach, działając ze szczególnym okrucieństwem, wspólnie i w porozumieniu z innymi dotychczas nieustalonymi osobami, dopuścił się zgwałcenia Małgorzaty Kwiatkowskiej, w następstwie czego doznała ona obrażeń w postaci podbiegnięć krwawych i rozerwania śluzówki pochwy, tkanek miękkich pomiędzy pochwą a odbytem z następowym dużym krwotokiem zewnętrznym, podbiegnięć krwawych śluzówki i ścian odbytu, podbiegniętych krwią wrzecionowatych pęknięć śluzówki odbytu stanowiące trwałą chorobę realnie zagrażającą życiu, to jest o przestępstwo z art. 197 § 3 kk w związku z art. 197 § 1 kk, art.