Miasta tworzyły osobne jednostki administracyjne wydzielone terytorialnie i administracyjnie z powiatów.
Wobec braku w Łęczycy odpowiednich pomieszczeń dla administracji, siedzibę departamentu 25 maja 1793 przeniesiono do Piotrkowa, przekształcając w go departament piotrkowski
Ponieważ departament piotrkowski zajmował znaczny obszar, podjęto starania o wydzielenie z niego departamentu, który objąłby tereny Kujaw i Mazowsza wcielone do Prus Południowych. Na siedzibę trzeciego departamentu wyznaczono w 1795 roku Płock, ale w związku z III rozbiorem stał się on siedzibą departamentu płockiego Prus Nowowschodnich (nie Południowych), do których włączono dawną ziemię dobrzyńską (powiaty dobrzyński, lipnowski i rypiński) oraz powiaty na obszarze dawnego województwa płockiego (bielski, płocki, sierpecki, szreński i wyszogrodzki), wyłączając je z Prus Południowych. Równocześnie powiaty brzeski, kowalski i radziejowski przyłączono do departamentu poznańskiego Prus Południowych, a powiaty brzeziński, gostyniński, łęczycki, orłowski, zgierski, rawski i sochaczewski połączono z terenami na południe i zachód od Wisły, zagarniętymi na skutek III rozbioru, z których utworzono nowy departament warszawski (Prusy Południowe).