Na początku 1595 roku teatyni zerwali umowę ze Scamozzim, oskarżając go o używanie drogich i nieodpowiednich materiałów. Architekt z kolei oskarżył zakonników o zerwanie umowy. Spór został rozstrzygnięty, a prace zakonnicy kontynuowali we własnym zakresie. 20 października 1602 roku kościół został konsekrowany. Po zamknięciu stanu surowego budowy kontynuowano prace wewnątrz, które jednak przerwano w 1606 roku w następstwie poważnego kryzysu politycznego między Wenecją a Rzymem, który zakończył się papieskim interdyktem. W tym czasie jezuici, kapucyni oraz teatyni na znak posłuszeństwa papieżowi i w konsekwencji nakazu nałożonego przez Senat opuścili miasto. Jednak teatyni powrócili do Wenecji już w 1607 roku wznawiając prace przy budowie kościoła. W 1608 roku ukończyli zakrystię. Po realizacji pozostawały jeszcze posadzka, fasada i kaplice. Jednak surowe, klasyczne zasady organizacji przestrzeni uległy modyfikacji pod wpływem determinacji weneckich rodzin szlacheckich (z których niektóre były blisko powiązane z papiestwem). To nowe podejście znalazło wyraz zwłaszcza w kaplicach bocznych, które zostały dzięki wsparciu tychże rodzin bogato udekorowane. Budowa kościoła i wykończenie jego wnętrza przeciągnęły się do 1671 roku.