Do nieukończonej fasady dobudował w latach 1706–1714 okazały, klasyczny pronaos, wykorzystując pieniądze Alvise da Mosto, zmarłego w 1701 r. , ofiarowane na opłacenie rodzinnego grobowca.
Ustanowienie parafii Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W związku z tym wspólnota zakonna ojców teatynów zniesiona a kościół 12 maja 1810 roku zamknięty. 24 października 1810 roku na mocy dekretu patriarchalnego przeniesiono prerogatywy parafialne na dawny kościół klasztorny, który już następnego dnia został ponownie otwarty dla kultu. Zastąpił on zamknięty kościół parafialny Santa Croce, który został później zburzony, a na jego miejscu założono ogród, Giardino Papadopoli.
Parafia San Nicola da Tolentino jest obecnie zarządzana przez świeckiego kapłana, nominowanego przez patriarchę. Należy do dekanatu San Polo/Santa Croce. Od 2010 roku wraz z parafią San Pantalon jest siedzibą duszpasterstwa akademickiego w Wenecji.