W 2007 została wybrana jako członkini European Molecular Biology Organisation (EMBO – obecnie ELSO), w 2013 otrzymała tytuł Fellow of the Academy of Medical Sciences (FMedSci) brytyjskiej Akademii Nauk Medycznych, a w 2016 została członkiem zagranicznym Polskiej Akademii Nauk (Wydział II Nauk Biologicznych i Rolniczych). Jest też członkiem Polskiej Akademii Umiejętności (Wydział IV Przyrodniczy). W kadencji 2016–2020 wchodziła w skład Rady Naukowej Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego.
Osiągnięcia naukowe Magdalena Żernicka-Goetz odbywała studia doktoranckie pod kierunkiem profesorów Andrzeja Tarkowskiego w Warszawie i Chrisa Grahama w Oksfordzie, a habilitację pod kierunkiem sir Martina Evansa w Cambridge. Po utworzeniu niezależnego zespołu w 1997, badała mechanizmy regulujące wczesny rozwój ssaków. W tym celu, jako pierwsza użyła interferencji RNA w komórkach ssaków do określenia przeznaczenia danej komórki w embrionie myszy. W tym czasie zaczęła również śledzić pochodzenie i przeznaczenie komórek w preimplantacyjnym embrionie myszy i odkryła, że specjalizacja rozpoczyna się wcześniej, niż oczekiwano. Odkrycie to zostało następnie potwierdzone przez inne zespoły badawcze.