9 grudnia 2019 roku nastąpiło oficjalne przekazanie kluczy do nowej siedziby Muzeum przy ulicy Węglowej 1 dyrektorowi profesorowi Wojciechowi Śleszyńskiemu przez Prezydenta Białegostoku Tadeusza Truskolaskiego.
30 kwietnia 2021 roku zakończona została realizacja projektu „Wykonanie wystawy stałej i zakup wyposażenia na potrzeby Muzeum Pamięci Sybiru” (w ramach VIII osi priorytetowej „Ochrona dziedzictwa kulturowego i rozwój zasobów kultury” Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2014–2020, dla którego Instytucją Pośredniczącą było Ministerstwo Kultury, Dziedzictwa narodowego i Sportu) o łącznej wartości niemal 13 mln złotych. Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego dofinansował projekt kwotą 6 783 630,07 zł. Pozostałe koszty pokryte zostały z budżetu Miasta Białystok.
Muzeum zostało otwarte 17 września 2021 roku w rocznicę agresji sowieckiej na Polskę. W uroczystościach udział wzięli m.in. Prezydenci RP Andrzej Duda i Bronisław Komorowski, premier Mateusz Morawiecki i minister kultury, dziedzictwa narodowego i sportu profesor Piotr Gliński. Wśród gości specjalnych była córka Gustawa Herlinga-Grudzińskiego, dr Marta Grudzińska. Na uroczystość przyjechali także Sybiracy z całej Polski.