Początek okupacji, służba w NOW Jego naukę w Szkole im. ks. Jana Długosza przerwał wybuch II wojny światowej. Jako członek Harcerskiego Pogotowia Wojennego, 1 września 1939 roku został powołany na stanowisko obserwacji obrony powietrznej na wzgórzu szpetalskim. Pełnił tę służbę do 6 września. Wtedy to opiekun 2. WDH im. Jana III Sobieskiego, ks. Piotr Franciszek Tomaszewski sformował oddział starszych harcerzy, którzy wyruszyli do Warszawy w celu pomocy tamtejszej obronie. Celem ostatecznym grupy miał być Lublin, gdzie harcerze mieli stworzyć zapasową armię ofensywną. W tej grupie znalazł się Tadeusz oraz jego starszy brat, Andrzej Maria (1914–1997). Między 15 a 16 września oddział Tomaszewskiego dotarł do Warszawy. Tu bracia Fopp wstąpili do patrolu piechoty w ochotniczym batalionie Obrony Warszawy im. Stefana Starzyńskiego. Walczyli w obronie stolicy do dnia jej kapitulacji w dn. 28 września 1939 roku.
Już po kapitulacji Warszawy bracia Fopp zaangażowali się w pomoc rannym obrońcom stolicy. Do Włocławka powrócili dopiero w listopadzie. Wycieńczeni bracia zostali natychmiast aresztowani.