Opozycyjne działania antynacjonalistyczne, reprezentowane choćby przez proboszcza z Braszowa, Konrada Möckela, pozostawały w mniejszości.

Na przełomie lat 1944–1945 rozpoczęto odbudowę działalności kościoła. Wielu jego członków zostało do 1950 wywiezionych do pracy przymusowej w Związku Radzieckim. Na skutek wywłaszczeń prowadzonych przez władze komunistyczne, kościół utracił należące do niego szkoły, grunty oraz lasy. Zachował jedynie budynki kościelne. Wszystkie wyznaniowe organizacje, jak Stowarzyszenie Kobiet Ewangelickich, zostały rozwiązane.

Od czasu wyboru Friedricha Müllera-Langenthala na stanowisko biskupa, kościół zaczął się na nowo rozwijać, pomimo politycznych represji.

W 1955 roku powołano Protestancki Instytut Teologiczny w Klużu-Napoce, kształcący duchownych. W Sybinie powołano jego filię niemieckojęzyczną, gdzie od 1994 prowadzone jest również przygotowanie kobiet do pełnienia posługi duszpasterskiej.

Pomimo pewnych ograniczeń, w czasie rządów komunistycznych prowadzona była również edukacja dzieci. W związku ze wzrostem liczby małżeństw mieszanych, rozpoczęte zostało w niektórych zborach prowadzenie przygotowań do konfirmacji w języku rumuńskim, a także rumuńskojęzycznych nabożeństw.