W 975 r. funkcje opata i biskupa oddzielił od siebie biskup Wolfgang, który powołał na opata swego przyjaciela , przybyłego tu z klasztoru św. Maksymina w Trewirze. Mimo to biskupi byli chowani w kościele klasztornym aż do XII w. Ramwold przeprowadził w klasztorze reformę i rozbudował kościół klasztorny (dodając m.in. kryptę nazwaną jego imieniem). W połowie XI w. rozbudowano kościół klasztorny i kanonizowano pochowanego w nim biskupa Wolfganga. Z czasem pojawił się spór zakonników z biskupami ratyzbońskimi – klasztor z pomocą sfałszowanych dokumentów próbował uwolnić się spod biskupiej zwierzchności. Starania te odniosły skutek dopiero w 1326 na mocy przywileju wydanego przez papieża Jana XXII. Z kolei w 1295 król Niemiec Adolf z Nassau nadał klasztorowi godność wolnego opactwa cesarskiego.
Po okresie upadku znaczenia klasztoru, ponowny rozkwit nastąpił w XVII i XVIII w. W 1731 tutejsi opaci zostali podniesieni do rangi książąt Rzeszy. W latach 1731–1733 doszło także do przebudowy wnętrz kościoła w stylu rokokowym. Klasztor w tym okresie ponownie stał się ważnym ośrodkiem naukowym.