prawdopodobnie wzorem dla niej była katedra w Spirze. Dodano wówczas potężny zachodni transept i chór z kryptą, a w 1052 kanonizowano pochowanego tu byłego biskupa Ratyzbony Wolfganga – dokonał tego tutaj papież Leon IX w obecności cesarza Henryka III. Nowemu, zachodniemu chórowi nadano wezwanie św. Dionizego, bowiem podczas przebudowy odnaleziono tu rzekomo kości tego świętego, sfałszowano też dokumenty mające potwierdzać przeniesienie ich tu przez Arnulfa z Karyntii. Z kolei krypta, w której umieszczono grób św. Wolfganga, nosi jego wezwanie.
W latach 60. XI w. i latach 60. XII w. kościół odbudowywany był po pożarach, zachował jednak cechy architektury przedromańskiej. W XVI w. przebudowano wolno stojącą dzwonnicę, którą pierwotnie zbudowano z pozostałości rzymskich budowli. Ponownie kościół spłonął w 1642, po czym został odbudowany. Kolejna przebudowa, podczas której zmieniono wnętrze świątyni w duchu rokokowym, nastąpiła w latach 1731–1733 pod kierownictwem braci Cosmasa Damiana i Egida Quirina Asamów.
W 1810 klasztor został zsekularyzowany i następnie przekazany rodowi Thurn und Taxis, którego przedstawiciele urządzili w nim pałac. Kościół nadal pełni funkcje sakralne i stanowi kościół parafialny (funkcję tę przejął od sąsiedniego kościoła św. Ruperta).