Wiosną 1940 przekazano mu skonfiskowany Polakom pałac w Żeroniczkach (powiat turecki). Teren ten był silnie inwigilowany przez Armię Krajową, a w jego majątku pracował jako księgowy członek AK, Eugeniusz Michalkiewicz Stefan, zajmujący się organizacją broni i środków finansowych dla podziemia.

Od lipca 1941 został przeniesiony na Ukrainę, gdzie zajmował się stroną organizacyjną mordów na Żydach. Był zastępcą dowódcy Einsatzkommando 6, podlegając Erhardowi Kroegerowi. Został awansowany do stopnia pułkownika (Standartenführera). Działał wtedy m.in. we Lwowie, gdzie inspirował do mordów na Żydach jednostki ukraińskiej milicji i ludność cywilną. 16 sierpnia 1941 brał udział w potyczce z żołnierzami sowieckimi. W październiku 1941 działał w Dniepropietrowsku, gdzie nadal eksterminował Żydów, zwalczał partyzantkę oraz mordował pacjentów szpitali psychiatrycznych. W grudniu 1941 zaplanował mord około sześciuset Żydów w okolicach Doniecka (Makiejewka, Gorłówka) oraz zorganizował getto.