Wnętrze thumb|250px|Nawa kolegiaty. Widoczny ołtarz główny oraz wnętrze kopuły. Po obu stronach prezbiterium stalle. Kościół w stylu barokowym, zbudowany jest na planie krzyża łacińskiego, z nawą główną, dwoma bocznymi, transeptem i kopułą. Okna umieszczone są nad nawami. W każdej z naw bocznych znajdują się trzy zatoki z kopułami. Trzy z tych zatok mają swoje kaplice z ołtarzem. Dwie z nich zajmowały kiedyś kaplice św. Franciszka z Asyżu i św. Rocha. Ta pierwsza jest teraz niszą mieszczącą posąg patrona kościoła, druga prowadzi do kaplicy Najświętszego Sakramentu, a trzecia znajduje się naprzeciwko bocznych drzwi wejściowych świątyni.

Apsyda i ołtarz główny Oryginalny, mniejszy od dzisiejszego ołtarz, dzieło Lorenzo Gafy, przeniesiono w latach 90. XIX wieku do kaplicy Najświętszego Sakramentu. Zniszczony został podczas bombardowania w czasie II wojny światowej. Współczesny, wykonany z szarego marmuru pochodzi z 1897. Jego projektantem był Alfonso Pace, zaś wykonawcą Francesco Buhagiar. Unikalną cechą tego ołtarza jest siedem srebrnych tablic;