W tym samym roku, również bezskutecznie, zabiegał o uzyskanie katedry literaturoznawstwa w Pradze.
Według Henryka Słoczyńskiego, Franciszek Matejko przejawiał wielkie ambicje, do których jednak nie dorastały uzdolnienia.
Choroba i śmierć Nie był osobą o mocnym zdrowiu, a intensywną pracą wyczerpywał swoje siły. Pod koniec 1870 roku zapadł na chorobę oczu podaje, że choroby oczu nabawił się w grudniu 1871 roku., zaś niedługo później (początek 1871) zaczął zdradzać objawy choroby psychicznej, do której przyczynił się wstrząs, jaki wywołało u niego fiasko zabiegów o profesurę. Zaburzenie nie od razu uniemożliwiły mu pracę i działalność. Był leczony w Krakowie oraz w zakładzie w Steinhof pod Wiedniem, jednak kuracje nie przyniosły wyzdrowienia. Matejko zmarł 18 marca 1873 roku w wiedeńskim szpitalu; ; .. Zgodnie z jego ostatnią wolą, bracia przewieźli jego ciało do Krakowa, gdzie spoczęło na cmentarzu Rakowickim jako miejsce pochówku podaje grobowiec rodzinny Matejków, natomiast podaje grób w pasie 5 tego cmentarza; .