Życie prywatne Franciszek Matejko odegrał istotną rolę w życiu Jana, swojego młodszego brata, przede wszystkim w okresie jego dzieciństwa. Wedle przekazu Mariana Gorzkowskiego, wespół z bratem Edmundem, uczył go czytać i pisać, jak również zabrał ze Szkoły św. Barbary, gdzie ten zupełnie sobie nie radził; .. Zachęcał Jana do rozbudzania zainteresowań historią poprzez czytanie książek o tej tematyce (na przykład polecał mu Wieczory pod lipą Lucjana Siemieńskiego), jak również wspierał rozwój jego pasji artystycznych – przynosił z Biblioteki Jagiellońskiej do kopiowania ilustrowane wydawnictwa i drzeworyty, które były reprodukcjami dzieł znanych malarzy, m.in. Tycjana i Delaroche’a; ; ; .. W 1851 roku, razem z przyjacielem Szymonem Darowskim, przekonał ojca, by – w obliczu nieuzyskania przez młodszego brata promocji do następnej klasy w Liceum św. Anny – wyraził zgodę na posłanie Jana do Szkoły Sztuk Pięknych, gdzie mógłby rozwijać swój talent artystyczny; ; ; ..