W 1724 r. biskup lwowski Jan Skarbek koronował obraz Matki Bożej Sokalskiej, co było dowodem dużego znaczenia klasztoru w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. W 1843 r. kościół i zabudowania klasztorne spłonęły. W 1870 r. kościół został odbudowany z zachowaniem oryginalnego stylu przez o. Jana Kantego Skoczylasa.
W okresie obu wojen światowych klasztor wielokrotnie był schronieniem dla ludności cywilnej, która straciła dach nad głową w wyniku działań wojennych lub uciekała przed ludobójstwem. Sokalscy bernardyni przyjęli m.in. kilkoro Żydów ocalonych z Holocaustu przez miejscową ludność i Polskie Państwo Podziemne, a także polskich uchodźców z Wołynia, przybywających tam po rozpoczęciu w 1943 r. mordów na ludności polskiej przez ukraińskich nacjonalistów. Również po przeniesieniu ludobójczej akcji na tereny Małopolski Wschodniej na początku 1944 r. przyjmowano w klasztorze uciekających z pobliskich wiosek Polaków, do tego stopnia, że krypty klasztorne uległy znacznemu przeludnieniu. Ówczesny opat sokalskiego konwentu, o. Stanisław Mucha został zamordowany przez partyzantów UPA w czasie wyjazdu po żywność do Lwowa dla uchodźców znajdujących schronienie w jego klasztorze.