Kościół Matki Bożej Pocieszenia pozostał ważnym dla Polaków miejscem kultu religijnego do 1951 r. Kiedy w wyniku największej po II wojnie światowej zmiany granicy państwowej Polski teren, na którym położony był kościół i klasztor, został przekazany Związkowi Radzieckiemu, bernardyni opuścili konwent i wywieźli całą dokumentację oraz ruchome mienie klasztorne do Leżajska. Natomiast obraz Matki Bożej Sokalskiej został nielegalnie przewieziony przez miejscowych polskich chłopów do Krakowa, gdzie przebywał w kościele św. Bernardyna aż do 2002 r. Obecnie obraz znajduje się w kościele parafialnym św. Stanisława Kostki w Hrubieszowie, w którym duszpasterstwo prowadzą ojcowie bernardyni. thumb|220px|Kościół Matki Bożej Pocieszenia przed pożarem z 2012 r.
Po zajęciu zachodniej części ziemi sokalskiej przez Sowietów pod koniec 1951 r. kościół i klasztor został zamieniony w więzienie o zaostrzonym rygorze i w znacznym stopniu zrujnowany. Pomimo starań wspólnoty rzymskokatolickiej, domagającej się zwrotu kościoła, zakład karny utrzymano po odzyskaniu niepodległości przez Ukrainę w 1991 r. pod nazwą Kolonia Karna nr 47. 27 marca 2012 r. klasztor wraz z kościołem spłonęły doszczętnie. Z zabytkowych zabudowań pozostały jedynie opalone ściany.