Stan jego posiadania pomnożony został otrzymanym w roku 1469 spadkiem. Od roku następnego zaznacza się rozrost jego księgozbioru, na co pozwolił dziedziczony majątek. 20 czerwca 1476 roku Tomasz Werner występuje po raz pierwszy jako kanonik i prałat-kustosz warmińskiej kapituły katedralnej we Fromborku. W tym charakterze brał udział w opracowaniu nowych statutów kapitulnych, nadanych przez biskupa Mikołaja Tüngena. Wysokie stanowisko kościelne w macierzystej diecezji zadecydowało o wciągnięciu Tomasza Wernera do funkcji dyplomatycznych. Zasadniczym terenem jego działalności był jednak uniwersytet lipski. 11 marca 1483 roku pracując nadal w ramach wydziału filozoficznego uzyskał stopień doktora teologii. Z początkiem roku 1485 przebywał na Warmii, zakładając w kaplicy, przylegającej od południa do wieży kościoła parafialnego w Braniewie, pierwsze na Warmii i jedno z pierwszych w ogóle bractwo różańcowe. Do kaplicy brackiej sprawił Tomasz Werner nowy poliptyk Matki Boskiej Różańcowej. W scenie centralnej przedstawiającej Madonnę z Dzieciątkiem, stojącą na półksiężycu, widniał fundator i matka fundatora w pozycji klęczącej, w modlitwie. Po czterech latach dalszej pracy wykładowej na uniwersytecie lipskim Tomasz Werner znów przebywał na Warmii w pierwszych miesiącach 1489 roku.