Najpierw, w dniu 30 stycznia, ufundował beneficja wikariuszowskie dla dwu kapłanów lub kleryków pochodzących z Braniewa. Po śmierci biskupa warmińskiego Mikołaja Tüngena w 1489, uczestniczył w wyborze nowego biskupa. Wszystkie oddane głosy padły na kanonika Łukasza Watzenrodego. W dniu 2 stycznia 1498 roku Tomasz Werner spisał swoją ostatnią wolę. Szczodre jałmużny przeznaczył klasztorowi dominikanów w Lipsku, który obrał na miejsce pochówku, następnie klasztorowi franciszkanów, farze lipskiej pod wezwaniem św. Mikołaja, kościołowi św. Tomasza w Lipsku, przytułkom św. Jerzego i św. Jana za murami i klasztorowi żeńskiemu za bramą miejską. Na Warmii obdarzył jałmużnami pieniężnym i przytułki Ducha Św. i św. Jerzego we Fromborku oraz św. Jerzego i św. Andrzeja w Braniewie, dodając po jednym zwykłym łóżku. Kościół farny św. Katarzyny w Braniewie, jak i tamtejsza kaplica Trójcy Świętej na nowym mieście i kaplica św. Jana za murami miejskimi otrzymały legaty pieniężne z obowiązkiem odprawienia mszy św. i modłów. Tomasz Werner pamiętał o ubogich z Braniewa każąc zakupić dla nich dwie sztuki płótna oraz obuwie dla nich i dla żaków. Ponadto ufundował stypendia w Lipsku dla dwu braniewian. Po spisaniu testamentu Tomasz Werner pozostawał w kontakcie z diecezją.