14 grudnia 1498 roku, złamany chorobą, ale jeszcze w pełni świadomości przekazał swój własnoręcznie pisany testament notariuszowi publicznemu, zmieniając niektóre postanowienia swej ostatniej woli w sposób mało precyzyjny i niejasny. Przekazał m.in. posiadane w Lipsku przybory mszalne tamtejszym ojcom dominikanom, co może dowodzić, że Tomasz Werner miał święcenia kapłańskie. 23 grudnia 1498 roku Tomasz Werner umiera. Zgodnie z życzeniem pochowano go w kościele św. Pawła w Lipsku u dominikanów. Napis na grobie brzmiał: .,Roku Pańskiego 1499 dziesiątego dnia kalendów styczniowych umarł wybitny Pan Tomasz Werner z Braniewa, Profesor św. Teologii, członek Kolegium Błogosławionej Maryi, kanonik warmińskiego i życkiego kościoła, który niech odpoczywa w pokoju Amen”. W 1513 wykonawcy ostatniej woli Tomasza Wernera dokonali fundacji kolejnego beneficjum w braniewskiej farze.
Całość zebranego księgozbioru będącego w posiadaniu Tomasza Wernera szacuje się na 170 rękopisów i inkunabułów. Zebranie w wieku XV tak wspaniałej biblioteki czyni Tomasza Wernera