Jarosław Kaczyński) podnosiło zarzuty jego rzekomej współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa, czy nawet pracy w niej na etacie kadrowego oficera oraz wykorzystywania Urzędu Ochrony Państwa dla inwigilacji prawicy.
W sierpniu 1995, tuż przed wyborami prezydenckimi został odwołany ze stanowisk zajmowanych w Kancelarii Prezydenta RP, pozostając formalnie jej pracownikiem aż do czasu objęcia obowiązków głowy państwa przez Aleksandra Kwaśniewskiego.
W późniejszych latach ponawiane były wobec niego przez różne środowiska polityczne rozmaite zarzuty. Lech Kaczyński nazwał go w wywiadzie radiowym „wielokrotnym przestępcą”, co skutkowało następnie procesem, w którym Sąd Rejonowy w Warszawie wydał wyrok niekorzystny dla Kaczyńskiego. Po apelacji Lecha Kaczyńskiego, Sąd Okręgowy w Warszawie wyrokiem z 14 grudnia 2005 skierował sprawę do ponownego rozpoznania. Na mocy przepisów Konstytucji RP, od 23 grudnia 2005 (w związku z objęciem urzędu prezydenta i chroniącego go immunitetu prezydenckiego) postępowanie karne uległo zawieszeniu, a możliwość przedawnienia ewentualnego przestępstwa wstrzymana. Do zakończenia sprawy nie doszło z powodu śmierci Lecha Kaczyńskiego w katastrofie pod Smoleńskiem 10 kwietnia 2010.