29 września 2014 zastąpił Piotra Gulczyńskiego na stanowisku prezesa Instytutu Lecha Wałęsy. We wrześniu 2016 przestał pełnić tę funkcję.
Postępowania karne We wrześniu 2005 został zatrzymany przez funkcjonariuszy ABW. Prokuratura postawiła mu zarzuty płatnej protekcji i pomocnictwa przy płatnej protekcji oraz zarzut ukrywania dokumentów.
18 stycznia 2007 funkcjonariusze ABW ponownie dokonali zatrzymania Wachowskiego pod zarzutem obietnicy płatnej protekcji w wysokości 2 mln zł, za którą to sumę Wachowski obiecał wypuszczenie z aresztu śledczego jednego z podejrzanych. Za czyn ten grozi do 10 lat pozbawienia wolności. 21 lutego 2007 został zwolniony za kaucją w wysokości 200 tysięcy złotych, którą wpłacił Lech Wałęsa.
18 stycznia 2008 sąd nieprawomocnie skazał Wachowskiego na pół roku więzienia w zawieszeniu za składanie fałszywych zeznań.
22 października 2013 Mieczysław Wachowski został wyrokiem sądu oczyszczony z wszelkich zarzutów. W przypadku jednego z nich sąd uznał, że swoim zachowaniem „wyczerpał on znamiona czynu”, ale umorzył sprawę ze względu