Tematem ikonograficznym kasetonów są: herb biskupi, posągi świętych (w liczbie 18) ponadnaturalnej wielkości, oraz Chrystus Zbawiciel i Matka Boża.
Prezbiterium – ołtarz główny Dekoracja prezbiterium i chóru zakonnego realizowana była etapami na przestrzeni wieków. Stalle z drewna orzechowego wykonali w XVII wieku bracia Vincenzo i Filippo Rossi. Ołtarz główny, ozdobiony marmurami, został zbudowany w 1905 roku z okazji 600-lecia śmierci św. Mikołaja. Kopuła została wzniesiona w 1859 roku przez architekta Giovanniego Battistę Carducciego. Zdobiący ją fresk, Widzenie św. Ezechiela przez Rafaela jest dziełem Luigiego Fontany. Malowidło, uszkodzone przez uderzenie pioruna, odrestaurował w 1924 roku Francesco Ferranti. Freski na pozostałych częściach kopuły są również dziełem Fontany. Na bocznych ścianach prezbiterium wiszą dwa duże płótna, namalowane między 1627 a 1628 rokiem przez Giovanniego Battistę Foschiego. Przedstawiają one Objawienie się Matki Bożej świętym Augustynowi i Mikołajowi oraz Cud Świętych Ramion. Dwa boczne otwory drzwiowe wyrzeźbili w drewnie w 1926 roku miejscowi snycerze Nicola i Enrico Reali. Prowadzą z nich wejścia na dzwonnicę oraz na chór muzyczny kaplicy Świętych Ramion.
Kaplice boczne Kościół ma po cztery kaplice boczne oraz kaplicę Najświętszego Sakramentu, Wielką Kaplicę św.