Została szóstą tenisistką w dziejach, która pięć tytułów profesjonalnych zdobyła przed siedemnastymi urodzinami (pozostałe to Tracy Austin, Andrea Jaeger, Monica Seles, Jennifer Capriati i Martina Hingis), ponadto była pierwszą tenisistką, która triumfowała w trzech występach z rzędu od ponad roku (dokonała tego Lindsay Davenport). Sezon zakończyła na piętnastym miejscu rankingu WTA.
2006 W styczniu 2006 znalazła się w półfinale w Sydney i czwartej rundzie Australian Open, a w maju wygrała swój szósty turniej w Strasburgu (jak się potem okazało, ostatni w karierze). We French Open pokonała w czwartej rundzie mistrzynię Australian Open i światowy numer jeden, Amélie Mauresmo, oraz w ćwierćfinale Venus Williams, by ostatecznie dojść do półfinału, przegranego ze Swietłaną Kuzniecową pomimo prowadzenia 7:5, 5:3. Był to najlepszy wielkoszlemowy wynik Vaidišovej w grze pojedynczej. Na Wimbledonie doszła do czwartej rundy, w której przegrała z Li Na 6:4, 1:6, 3:6. W dalszej części roku zagrała w półfinałach w Stanford i San Diego, gdzie dwukrotnie została zatrzymana przez Kim Clijsters: 5:7, 2:6 i 2:6, 6:7(0). Mecz trzeciej rundy w Montrealu oddała walkowerem Nicole Pratt, a w US Open przegrała z Jeleną Janković 7:5, 3:6, 2:6.