W 1965 roku prof. Pietkiewicz zaapelował o powiększenie rezerwatu, a w 1968 roku zespół Zbigniewa Głowacińskiego postulował rozszerzenie jego granic o zalesione wzgórza morenowe, jeziorko Boczniel i północny odcinek rzeki Czarnej Hańczy. Głowaciński, Z. 1968. Rezerwat „Hańcza” na Suwalszczyźnie. Chrońmy Przyrodę Ojczystą, 24(2): 20–30.
W latach 70. toczyła się debata na temat ochrony Suwalszczyzny, co doprowadziło do powstania Suwalskiego Parku Krajobrazowego w 1976 roku.
W 1993 roku Anna Hillbricht-Ilkowska i Rajmund J. Wiśniewski zaproponowali powiększenie rezerwatu do 1000 ha, włączając górny odcinek doliny Czarnej Hańczy. Hillbricht-Ilkowska, A., Wiśniewski, R.J. 1993. Landscape structure and ecological state of lakes – results of research in Suwałki Landscape Park including suggestions for its protection. Ekologia Polska, 41(1–2): 269–284.
W 2000 roku Aleksander Sokołowski wskazał na potrzebę ochrony zlewni Hańczy przed erozją i zanieczyszczeniami, proponując m.in. budowę zbiorników wstępnych na Czarnej HańczySokołowski, A.W. 2000. Zagrożenie jeziora Hańcza. Chrońmy Przyrodę Ojczystą, 56(4): 86–89.