Dwa lata później przejął oddział Deutschland i przeniósł go do własnego budynku.
Luther był niezwykle lojalny wobec Heinricha Himmlera. W maju 1940 roku został mianowany na stanowisko łącznika ministerstwa z SS. W lipcu 1941 roku awansował na stanowisko ministerialdirektora w randze Unterstaatssekretär. Jego efektywna siła przewyższała to, co sugerował jego tytuł i ranga, ponieważ był on łącznikiem między partią a ministerstwem. Poza tym stał się SA Brigadeführerem.
Luther uczestniczył w konferencji w Wannsee w dniu 20 stycznia 1942 r. Jako przedstawiciel Ministerstwa Spraw Zagranicznych, miał za zadanie przekonać niemieckich satelitów i sojuszników do przekazania ich ludności żydowskiej w celu deportacji do obozów śmierci. W tym okresie pracował również jako dekorator wnętrz dla żony Ribbentropa, pomagając jej w projektowaniu jej różnych domów, a także jej ubrań.
W 1943 roku, przy pomocy Franza Rademachera, próbował wyprzeć von Ribbentropa ze stanowiska ministra spraw zagranicznych. Został jednak powstrzymany i wysłany do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen w 1944 roku. Hitler chciał go powiesić, ale Himmler przekonał go, aby Luther pracował w obozowym ogrodzie ziołowym.