W sezonie 2003/2004 Kozubek nadal był podstawowym zawodnikiem swojego klubu. Strzelił ważnego gola w meczu z Piastem Gliwice, oraz dwukrotnie trafiał do siatki rywala w spotkaniu z Tłokami Gorzyce w 24 kolejce. W styczniu przedłużył kontrakt ze swoim klubem. Działacze Odry Wodzisław Śląski twierdzili jednak, że piłkarz podpisał umowę z ich klubem i oczekiwali go na poniedziałkowym, pierwszym po świątecznej przerwie, treningu. Za podpisanie dwóch kontraktów jednocześnie, groziła mu dyskwalifikacja ze strony PZPN. Ostatecznie Kozubek pozostał w Szczakowiance. Łącznie wystąpił w 31 pojedynkach i zdobył sześć goli. Szczakowianka zajęła w rozgrywkach drugiej ligi wysokie piąte miejsce. W rundzie jesiennej sezonu 2004/2005 regularnie grał w pierwszym składzie, jednak nie wykazywał już takiej skuteczności jak w poprzednich latach – w szesnastu ligowych pojedynkach ani razu nie wpisał się na listę strzelców. 26 października 2004 roku strzelił klasycznego hat-tricka w wygranym 9:2 meczu pucharu Polski z Tłokami.