Po śmierci Edwarda I trafiła tu pod opiekę Marii jego najmłodsza córka Eleonora, która zmarła tutaj w 1311. Za życia Eleonory z Prowansji zakonnicą w Amesbury była także inna jej wnuczka, Eleonora, córka księcia Bretanii Jana II, późniejsza ksieni klasztoru w Fontevrault. Maria pozostawała tu aż do śmierci w 1332. Na początku XIV w. w klasztorze przebywało ponad 100 zakonnic.
Związki Amesbury z klasztorem macierzystym stopniowo się rozluźniały w trakcie konfliktów francusko-angielskich od końca XIII w. i faktycznie klasztor z czasem całkowicie się usamodzielnił; po 1400 nie ma już wzmianek wskazujących na istnienie męskiego zgromadzenia (które już wcześniej było mniej liczne od żeńskiego), a prawdopodobnie w XV w. klasztor przystąpił do zakonu benedyktynów. Jego znaczenie w drugiej połowie XIV i XV w. stopniowo malało, podobnie jak liczba zakonnic (w 1381 jest wyliczonych tylko ok. 30). Tracił także źródła utrzymania. Jeszcze w 1501 zatrzymała się w nim w drodze na swój ślub z księciem Walii Arturem Katarzyna Aragońska. W 1539 został rozwiązany podczas akcji likwidacji klasztorów za panowania Henryka VIII Tudora.