Równolegle do programu AUP prowadzono prace mające na celu modernizacje zespołu napędowego samolotu. Obejmowały one modyfikację dysz wylotowych silników, instalacje cyfrowego układu sterowania FADEC, modyfikacje wlotów powietrza do silników. W 2005 roku podpisano kontrakt na modernizację systemów ratunkowych załogi samolotu. W jego ramach zainstalowano fotele wyrzucane Martin-Baker MkUS16T. Podjęte programy utrzymywały samoloty w powietrzu jednak czas ich trwania ulegał wydłużeniu, generując dodatkowe koszty szkolenia. Z drugiej strony, skala problemów technicznych była na tyle duża, iż od 2011 roku gotowość do lotu floty używanych 431 Talonów spadła poniżej 75%, co samo w sobie było wartością nie do zaakceptowania przez AETCTalon upgrades continue, „United States Air Force Air Power Yearbook 2019”, nr 4 (2018), s. 19, . Tym niemniej brak rozstrzygnięć wobec wymiany samolotów zmusił siły powietrzne do dalszych prac modernizacyjnych. 30 sierpnia 2016 roku amerykańskie lotnictwo ogłosiło przetarg na dostawę nowych kompletów skrzydeł do T-38. Trwa kolejny już program Pacer Classic III, w ramach którego na 150 samolotach zmodernizowana zostanie struktura płatowca.