W maju 1941 r. udało mu się powrócić na Śląsk, gdzie od 1 lipca 1941 r. podjął pracę w rafinerii w Czechowicach. Tu, po śmierci hm. Józefa Pukowca (komendanta Śląskiej Chorągwi Harcerzy, a zarazem kierownika Wydziału Propagandy i Informacji okręgu ZWZ, zgilotynowanego 14 sierpnia 1942 r. w katowickim więzieniu przy ul. Mikołowskiej), dotarło doń mianowanie na komendanta Śląskiej Chorągwi Szarych Szeregów. W następnych miesiącach Niederlińskiemu udało się, żmudną i ostrożną pracą, odtworzyć podziemne struktury Śląskiej Chorągwi (noszącej kryptonim „ul Huta”) oraz utrzymać kontakt z Główną Kwaterą w Warszawie.

Po wojnie powrócił na Górny Śląsk, gdzie kierował jawnym znów harcerstwem jako komendant Chorągwi Śląsko-Dąbrowskiej Harcerzy ZHP (połączonej męskiej i żeńskiej). Prowadził znów kursy instruktorskie, specjalny nacisk kładąc na poznanie tzw. Ziem Odzyskanych, szczególnie całego Śląska (np. był komendantem kursu podharcmistrzowskiego nad Jeziorem Turawskim w 1946 r.). Do roku 1949 kształcił kadry harcerskie w Ośrodku Harcerskim w Górkach Wielkich u stóp Góry Bucze. Po likwidacji harcerstwa przez władze komunistyczne w 1950 r.