Podczas kampanii na wybrzeżu niderlandzkim okazał się zdolnym nawigatorem i innowatorem, utworzył kod sygnałowy z użyciem flag sygnałowych celem utrzymywania współpracy pomiędzy okrętami. Dał się poznać także jako doskonały planista operacji desantowych.
W trakcie wojny II koalicji Popham uczestniczył w walkach w południowej Afryce oraz na Morzu Czerwonym w latach 1800–1801.
W październiku 1804 r. przedstawił rządowi w Londynie memoriał dotyczący konieczności interwencji w hiszpańskiej Ameryce Południowej i przejęcia kontroli nad kluczowymi punktami wybrzeża atlantyckiego celem otwarcia kontynentu dla brytyjskiego handlu. Podjął tym celu współpracę z kreolskim patriotą Francisco Miranda.
Interwencje kolonialne thumb|right|300px|Okręty i wojska brytyjskie w Buenos Aires, rycina współczesna inwazji
W sierpniu 1805 r. Popham został mianowany komandorem i objął dowództwo sił morskich w dowodzonej przez gen. Davida Bairda brytyjskiej ekspedycji, której celem było opanowania holenderskiego Kraju Przylądkowego. Wysadzony 7 stycznia 1806 r. w Zatoce Stołowej desant opanował 10 stycznia Kapsztad.