Budowa Czaszka thumb|left|Rekonstrukcja osobnika w agresywnej postawie, z rozstawionymi na boki kończynami i ostrogami na kostkach jak u dzisiejszego dziobaka Najkompletniejsza czaszka dorosłego katopsbatara (okaz PM 120/107) mierzy 63 mm długości i 55 mm szerokości z żuchwą długości 41 mm. Dla porównania czaszka holotypowego okazu młodocianego (ZPAL MgM–I/78) ma 53 mm długości i 56 mm szerokości, żuchwa mierzy 35 mm. Największa czaszka dorosłego katopsbatara (ZPAL MgM–I/79) liczy sobie 70 mm długości, ale z powodu jej niekompletności pozostałe wymiary są nieznane. Catopsbaatar był większy od swych krewnych Kryptobaatar i Djadochtatherium. Multituberkulaty miały względnie duże czaszki na krótkich szyjach. Ich czaszki były proporcjonalnie dłuższe i szersze niż należące do gryzoni czy torbaczy podobnej wielkości. Zewnętrzny wygląd ich głów mógł przypominać głowę gryzoni.