Lęgi thumb|left|Jaja czarnodziobka z kolekcji muzealnej Okres lęgowy trwa od marca do lipca. Czarnodziobki gniazdują w oddaleniu 0,2–1,5 km od innych par. Gniazdo przypomina zwarty kubeczek. Budulec stanowią gałązki, łodygi roślin i źdźbła traw, zaś wyściółkę – puch roślinny, włosy (w tym wełna) i pierze. Gniazda umieszczone mogą być na drzewach (również owocowych), krzewach, w winoroślach, 1–4 m nad ziemią. Buduje je samica, niekiedy z pomocą samca. W terenach półpustynnych czarnodziobki często jako miejsca na gniazdo używają tamaryszków (Tamarix) lub Arthrophytum (szarłatowate), na terenach uprawnych – drzew z upraw (śliw Prunus, winorośli Vitis czy pistacji Pistacia), poza tym również eukaliptusów (Eucalyptus), akacji (Acacia), sosen (Pinus), topoli (Populus), morw (Morus). Zniesienie liczy 4–7 jaj (zwykle 5 lub 6) o bardzo jasnej, niemal białej, zielononiebieskiej skorupce i średnich wymiarach (n=100) 18,9 na 14,2 mm. Samica wysiaduje sama przez około 14 dni, karmiona wówczas przez samca. Młode są w pełni opierzone po 12–13 dniach życia. Opiekują się nimi oboje rodzice. W ciągu roku czarnodziobki wyprowadzają dwa lęgi.