Piotra i Pawła w Gdańsku.
Studia thumb|190px|Stary Dom Ławy na Głównym Mieście Początkowo miał zostać kupcem, dlatego w 1747 rozpoczął staż w Towarzystwie Żeglugowym „Uphagen i Paleske”, którego współwłaścicielem był jego ojciec. Po dwóch latach postanowił jednak pod wpływem historyka Gotfryda Lengnicha przerwać terminowanie i za zgodą ojca przygotowywał się do studiów przez półtora roku ucząc się łaciny, greki i filozofii. Po zdaniu egzaminów wyruszył w 1751 roku wraz z bratem stryjecznym Wilhelmem Heinrichem Uphagenem do Getyngi, gdzie na tamtejszym uniwersytecie studiował prawo, filozofię i historię. Po zakończeniu nauki w 1754 roku podróżowali po Niemczech, Holandii i Francji, poznając tamtejszą kulturę, podziwiając zabytki sztuki sakralnej i świeckiej oraz nabywając książki.
Małżeństwa W lipcu 1755 roku Johann Uphagen powrócił do Gdańska, gdzie podjął pracę, nie wiadomo jednak, czy w firmie ojca, czy samodzielnie. Ożenił się ze swą stryjeczną siostrą Florentiną Uphagen, z którą zamieszkał w Starym Domu Ławy przy Długim Targu 45, zakupionym w 1763 roku przez ojca. Florentina zmarła w marcu 1766 roku, a trzy lata później Johann poślubił Abigail Borckmann. Oba małżeństwa pozostały bezdzietne.