Urzędy publiczne Johann Uphagen sprawował liczne urzędy w Gdańsku. W 1776 roku został ławnikiem. Był członkiem kasy miejskiej, należał do komisji podatkowych, zajmował się sprawami zabezpieczenia przed ogniem oraz nadzorem nad latarniami miejskimi. Był członkiem wielu deputacji i zarządów miejskich Był podpułkownikiem i głównym dowódcą gdańskich regimentów: „niebieskiego”, „białego” i „czerwonego”. W 1792 został rajcą miejskim, ale po II rozbiorze Polski w 1793 roku, gdy Gdańsk znalazł się w granicach Prus, wycofał się z pełnienia tego i innych urzędów.

Udzielał się społecznie. Był prezesem kasy ubogich działającej przy gdańskiej gminie kalwińskiej, a od 1768 przełożonym gminy reformowanej.

Majątek Johann Uphagen był zamożnym człowiekiem. Był współwłaścicielem posiadłości Buszkowy, a także właścicielem spichrza Małpa przy ulicy Chmielnej 78 w Gdańsku. Należały do niego w różnym czasie także inne nieruchomości w Gdańsku – przy ulicy Szerokiej 71, Szerokiej 24, Chlebnickiej 40, Mariackiej 38, Św. Ducha 83. Był również właścicielem posiadłości podmiejskiej „Mon Plaisir” we Wrzeszczu nabytej w 1790 roku.