Bibliofilstwo Był także bibliofilem. Od wczesnych lat gromadził książki, które nabywał zarówno w Gdańsku (głównie u Jobsta Hermanna Flörke), jak i podczas podróży po innych krajach. Zamawiał cenne pozycje m.in. w Amsterdamie i Bordeaux, brał także udział w aukcjach. Najcenniejsze pozycje w jego zbiorze pochodziły z biblioteki Heinricha W. Rosenberga, sprzedanej na aukcji w 1795 roku. Zgodnie ze spisem sporządzonym w 1803 roku, już po śmierci Johanna Uphagena, jego księgozbiór stanowiły 10 463 tytuły w ponad 15 000 woluminów. W jego bibliotece znajdowało się też 280 rękopisów oraz 165 map i sztychów. Zbiory biblioteczne Uphagena trafiły w 1879 roku jako depozyt do Biblioteki Miejskiej, a obecnie znajdują się w Bibliotece Gdańskiej PAN jako zbiór wydzielony i mający odrębne sygnatury. Jego zbiór jest uważany za jedną cenniejszych kolekcji mieszczańskich epoki oświecenia. Budowany pod kątem przydatności do własnej pracy naukowej zawierał pozycje literatury historycznej, prawniczej, bibliograficznej, a także wartościowe dzieła z zakresu nauk przyrodniczych, nauk o ziemi i technicznych.