Członkostwo w towarzystwach naukowych Od 13 listopada 1776 roku był członkiem Towarzystwa Przyrodniczego w Gdańsku. W swoim księgozbiorze miał liczne prace i rozprawy wydawane przez nie. Jego zasługi zostały nagrodzone złotym medalem, pismem gratulacyjnym i pamiątkową złotą tabakierką przez Kurfürsta Saksonii. Od 1786 roku był członkiem korespondentem Królewskiego Towarzystwa Naukowego w Getyndze. Należał też do członków naukowego Towarzystwa Starożytniczego w Londynie.
Pisanie pamiętnika Prowadził przez całe życie diariusz, uznawany obecnie za zaginiony, którego fragmenty są znane dzięki autorom niemieckim F. Schwarzowi oraz R. Dähnemu, którzy na początku XX wieku mieli dostęp do zapisków bibliofila.
Śmierć i testament thumb|Gdański tramwaj, którego patronem jest Johann Uphagen Johann Uphagen zmarł 17 listopada 1802 roku w swoim podmiejskim dworze. Mimo dwukrotnego ożenku nie pozostawił potomków. Troszcząc się o majątek i chcąc zadbać o losy gdańskiej kamienicy przy Długiej 12 oraz gromadzonego przez lata księgozbioru ustanowił w 1789 roku Związek Rodzinny dla uczczenia pamięci swoich rodziców, a spadkobiercą uczynił swojego młodszego brata Karla Heinricha. Po nim pieczę nad majątkiem, dziedziczonym w drodze majoratu objął jego syn Johann Karl Ernst Uphagen.