We wrześniu 1939 ewakuował z Muzeum Belwederskiego pamiątki po Marszałku Piłsudskim, w tym jego mundur. W Bukareszcie dołączył do transportu pozostałych eksponatów wywiezionych z tej placówki, które następnie przy jego udziale zostały przepakowane, wywiezione z Rumunii i we Francji oddane pod opiekę Prezydenta RP Władysława Raczkiewicza. Tam został przydzielony do jego Gabinetu Wojskowego, w którym był odpowiedzialny za ochronę głowy polskiego państwa. Po upadku Francji przedostał się do Wielkiej Brytanii, gdzie kontynuował swą służbę przy Prezydencie. 14 października 1940, na skutek niemieckiego nalotu na Londyn, w czasie pełnienia swoich obowiązków został poważnie ranny. Zmarł 17 października 1940 w Londynie, pośmiertnie odznaczony trzecim nadaniem Krzyża Walecznych i pochowany na londyńskim w Kensal GreenZ. Wójcik, Ludzie Belwederu, „Magazyn Rzeczpospolita” 1997, nr 22, s. 25..
Walenty Wójcik został upamiętniony dwiema tablicami: w kościele św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu, którą w latach 80. ufundowali jego potomkowie oraz w kościele w Wielgomłynach, gdzie została odsłonięta 17 października 2015 z inicjatywy Mariusza Kolmasiaka.