W lutym 1941 roku w getcie doszło do zamieszek skierowanych przeciwko Judenratowi, podczas których zaatakowano i zraniono Sendera Falca, kierownika wydziału budżetowego Judenratu. Zamieszki zostały stłumione przez policję niemiecką. W wyniku zamieszek aresztowano część osób odpowiedzialnych za przemyt do getta, które zostały następnie skazane na śmierć i stracone we Włocławku. Zastąpiono także część członków Ordnungspolizei oraz policji żydowskiej, co doprowadziło do zwiększenia ochrony getta i jego całkowitej izolacji.
Likwidacja getta W 1941 roku nieznana liczba Żydów została wywieziona do obozów pracy w okolicach Poznania, w lipcu tego roku populacja getta wynosiła 6015 osób.
W marcu 1942 roku Wydział Zdrowia Okręgu Rzeszy Kraj Warty poinformowano o tym, że w kutnowskim getcie ponad 1369 osób było zakażonych tyfusem, a 313 zmarło z powodu epidemii. Z inicjatywy Judenratu do getta sprowadzono dwóch żydowskich lekarzy: Juliusza Winsafta oraz Apersteina, trzech polskich lekarzy otrzymało także pozwolenie na wchodzenie na teren getta w celu pomocy chorym. Do końca 1941 roku z powodu chorób oraz wycieńczenia zmarło 660 osób, co stanowiło około 10% populacji. Przez Niemców getto określane było „Krieperlager”, czyli „obozem zdychania”.