Po napaści w 1939 Niemiec na Polskę zrezygnował z wyjazdu za granicę (miał zaproszenie z uczelni brytyjskich i szwajcarskich). Po zburzeniu jego mieszkania w Warszawie przy ul. Tłomackie 6 w trakcie oblężenia stolicy we wrześniu 1939 znajdował się pod opieką dr. Stanisława Bukowieckiego. Wraz z rodziną został jednak przesiedlony do getta warszawskiego. W sierpniu 1942 został z żoną, córką oraz wnukiem (lub wnuczką) wywieziony do obozu zagłady w Treblince, gdzie wszyscy zostali zamordowani. Wojnę i okupację przeżył syn Jerzy.
2 maja 1922 został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski – za zasługi dla obudowy Polski na forum międzynarodowym.
Znaczenie W biogramie autorstwa Krzysztofa Pola zamieszonym w internetowym Leksykonie prawników polskich tak opisano jego dokonania: „W dziejach polskiej myśli prawniczej XIX i XX w. trudno znaleźć bardziej wszechstronnego uczonego niż Szymon Rundstein. Należał on bowiem do najwybitniejszych prawników europejskich i dogmatyków prawa w Polsce, a jego bogaty dorobek naukowy stawiano na równi z dorobkiem takich uczonych jak: L. Petrażycki, W. L. Jaworski, F. Zoll (mł.) czy S. Wróblewski.